高昌回鹘又称西州回鹘或和州回鹘，以从在四五百多年。
唐咸通七年（866年），北庭回鹘大首领仆固俊与吐蕃、黠戛斯大战。
仆固俊收复西州（今吐鲁番盆地）、轮台（今乌鲁木齐）、清镇（今玛纳斯县），从此建立了西州回鹘国。
从此以后西州回鹘国首领便称“西州外生子阿厮兰汗”。
西州回鹘国以高昌为冬都，北庭为夏都，天山以北从事游牧，天山以南从事农耕。
境内多数信仰佛教，民族多元，有汉、突厥、大仲云、小仲云、样磨、葛逻禄、吐蕃等。
西州回鹘这种好日子一直过了二百六十多年。
直到1130年，一支东方败兵的到来，结束了西州回鹘称霸西域的局面。
1130年耶律大石西行，向当时的西州回鹘大汗毕勒哥借道致书：
“昔我太祖皇帝北征，过卜古罕城，遣使至甘州，诏尔祖乌母主曰：
‘汝思古国耶，朕即为汝复之；汝不能反耶，朕则有之。
在朕，犹在尔也。’
尔祖即表谢，以为迁国于此，十有馀世，军民皆安土重迁，不能复返矣。
是与尔国非一日之好也。
今我将西至大食，借道尔国其勿致疑。”
毕勒哥刚收到信后，耶律大石以兵临城下。
毕勒哥在三权衡之后，觉得非契丹之敌，故只能大开城门，宴请三日，借道耶律大石。
同时在耶律大石强兵的威胁下，毕勒哥只能献马六百，骆驼一百，羊三千。
并送子孙为质，为耶律大石附庸。
但毕勒哥作为西域霸主，怎么可能接受这种强逼之事。
在耶律大石西征后，毕勒哥一直在谋划反辽事宜。
这个机会还真被毕勒哥给等到了。
耶律大石西征之初遇到了东喀喇汗王朝的抵抗，耶律大石战败，一路退回至西州回鹘国。
这次毕勒哥抓住机会，趁机掩杀大败而回的耶律大石军队，
追袭俘虏了耶律大石的将领撒八、迪里、突迭等人。
耶律大石一路退回叶密，才逃过一劫。
第一次西征失败败回的耶律大石检讨自己，吸取教训，不除后患西征等于将自己放在了刀尖上。
毕勒哥不知道的是他这一次的叛变给回鹘带来了亡国的命运。
耶律大石休整过后，开始第二次西征，这一次西州回鹘便成了耶律大石的垫脚石。
耶律大石征服回鹘后，鉴于本部人马太稀少的缘故。
便将一部分回鹘国东方的领土交予回鹘自治。
西、南部由契丹直辖。
从此西州回鹘汗国灭亡，留下的只是属于辽国内部区域大幅度缩小的高昌回鹘自治属国。
且回鹘没了汗号，只能接受辽国亦都护官职。
西州回鹘汗国时其疆域西面开拓至龟兹（今新疆库车）以西的阿克苏，乌什一带。
与喀喇汗国接壤，西北至天山，北面包括准噶尔盆地，南隔塔里木盆地与于阗为邻。
东至敦煌西与西夏分界，东南以阿尔金山与黄头回鹘（阿金山南，青海北部）接壤。
而高昌回鹘疆域大致为统别矢八里（今新疆吉木萨尔县北破城子）之地。
北至阿术河（今新疆北部阿察果勒河），南接酒泉，东至兀敦甲石哈（今新疆哈密东纳格什湖）。
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