而三好三人众和斋藤龙兴没有攻破本圀寺，杀死足利义昭，只能带领兵马退往摄津。
织田信长到达京都后，参见了足利义昭，送上了一些礼金之类的东西安抚足利义昭的情绪，随后斥责了留守京都的羽柴秀吉。
毕竟羽柴秀吉所在的京都距离本圀寺很近，但是在荒木村重等人出兵援助的时候，羽柴秀吉居然没有反应，可见羽柴秀吉在京都也是玩忽职守。
不过在六条本圀寺之战中，织田信长看得出明智光秀和细川藤孝的才能，至少在危机时刻，细川藤孝提前筑城，让本圀寺多了一层保护，而明智光秀当机立断派出使者求援。
最后他得知一支雇佣军在此战中死战不退，五百人折损过半，特别是明智左马介说出八十多名重伤兵死战被烧死也让织田信长感怀。
于是织田信长召见了荒川崎。荒川崎在这次合战中也受了伤，他进来的一瘸一拐。
荒川崎跪坐在地上，顿首道：“见过织田上总介大人。”
织田信长点头道：“你在这次合战中的表现让我很欣赏，怎么样，出仕本家，带着你的足轻一起。”
荒川崎摇头道：“多谢大人的好意，在下不过是一介浪人，逍遥自在惯了，不太喜欢规矩。这一次也是拿钱办事，不想坏了自家的名声。出来混的，说到就要做到。”
织田信长点头，他也没有强求，随后就让人赏赐荒川崎一千贯，就让他退下了。
随后织田信长赏赐了那些前来援救的人，三好义继被三好长逸射了一箭，不过伤口不深，当时摔下马晕了过去，被身边的家臣和几名近侍保护着，在乱军中找了个地方躲了起来。
池田胜正还好一些，他只是军势被三好家打垮了，跟着败兵往近江跑，最后碰上前来支援的浅井长政才稳住自己的败兵，最后收拢了大部分军势，跟着浅井长政前来京都。
织田信长看着绑有白色绷带的三好义继，说道：“河内守，对于你的遭遇，本家深感同情，带本家稳定之后，一定会带兵讨伐三好长逸这些乱臣贼子。河内就是你的奖赏。”
三好义继激动道：“哈，在下多谢织田大人！”
之后织田信长又对和田众、池田胜正、荒木村重和伊丹亲兴一一给了赏赐。
等他们下去后，织田信长对明智光秀问道：“你愿意来本家吗？”
明智光秀张了张嘴，他对于出仕织田家还是有些意动的，特别是新任将军足利义昭比起第十三代将军足利义辉，差的不是一点半点。之前他作为足利义昭与织田信长之间的联络人，在织田家待过，所以去了的话也不会有什么不适应的地方。
明智光秀斟酌了一下言辞：“在下十分抱歉，目前幕府还需要人帮忙。”
织田信长点点头，他明白明智光秀这是不好意思现在就跳槽，估计要等一段时间。
经过这次合战，织田信长意识到本圀寺的防御依旧空虚，而且他的威望还不足以让京畿的一些人臣服。
为了足利义昭的安慰，被废弃的二条御所重新翻修。
在六条本圀寺合战爆发时，与长谷继布联络，在堺町帮助池田正纲的上谷正数早已南下伊势，前往北畠家。
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